1930年拜河南名醫(yī)朱壺山為師。1936年于臨診之余，致力于中醫(yī)教育。1938年經(jīng)朱壺山推薦，受聘于北京國醫(yī)學(xué)院，講授《內(nèi)經(jīng)》與《傷寒論》。1940年該院被迫關(guān)閉后，他不顧日偽當(dāng)局對中醫(yī)的摧殘和迫害，一面臨診行醫(yī)，一面帶徒授課。抗戰(zhàn)勝利后，將帶徒傳藝變?yōu)榧w授課，一面給學(xué)生講授《傷寒論》、《金匱要略》，一面帶學(xué)生臨床實(shí)習(xí)。至1948年，終于創(chuàng)立了“私立北平中醫(yī)研究所”。 1949年后，他參加了中央衛(wèi)生研究院中醫(yī)研究所的工作。同時(shí)，擴(kuò)大了他創(chuàng)辦的中醫(yī)研究所的招生。并先后在門頭溝與豐臺區(qū)沒立了分所。1955年，私立北京中醫(yī)研究所已逐步發(fā)展成為初其規(guī)模的中醫(yī)學(xué)校，在校學(xué)生達(dá)400余人。1956年，為了進(jìn)一步擴(kuò)大中醫(yī)教育，增設(shè)了課程內(nèi)容，并經(jīng)北京市人民政府正式批準(zhǔn)成立“私立北京匯通中醫(yī)講習(xí)所”，全市招生，考試合格者入學(xué)，學(xué)制3年半，敦聘了北京名醫(yī)、學(xué)者耿鑒庭、謝海洲、趙紹琴、穆伯陶、許公巖、馬秉乾、于道濟(jì)、馬繼興、許作霖、余無言、盧英華等講授醫(yī)史、中藥、方劑、內(nèi)經(jīng)、難經(jīng)、內(nèi)科、外科、婦科、兒科、針灸、正骨、按摩課。并增加了政治理論及部分西醫(yī)基礎(chǔ)課程。

1956年，北京中醫(yī)學(xué)院成立，他由中醫(yī)研究院調(diào)往北京中醫(yī)學(xué)院，擔(dān)任《傷寒論》教學(xué)，并出任傷寒教研組長。

1959年，將其創(chuàng)辦的北京匯通中醫(yī)講習(xí)所交北京市中醫(yī)學(xué)校接辦。
他一生治學(xué)《傷寒論》，早年以《內(nèi)經(jīng)》釋《傷寒論》，中年以各家之說注《傷寒論》，晚年以臨床實(shí)踐驗(yàn)證《傷寒論》。在教學(xué)時(shí)，要求學(xué)生從《傷寒論》原文入手，要做到使《傷寒論》脈證方藥了然于心，方可融會貫通。

他多次參加全國《傷寒論》教材審定會，在審定會上反復(fù)強(qiáng)調(diào)《傷寒論》條文必須順序不變的見解。

1962年，當(dāng)他見到本科學(xué)生基礎(chǔ)課不夠，基本功不牢，如此下去，實(shí)難擔(dān)當(dāng)發(fā)展中醫(yī)之重任時(shí)，即與秦伯未、李重人、于道濟(jì)、任應(yīng)秋五位學(xué)者聯(lián)合上書衛(wèi)生部，強(qiáng)調(diào)一定要加強(qiáng)中醫(yī)基礎(chǔ)理論的研究和保證教學(xué)質(zhì)量的不斷提高。提出“要先繼承好，才能有提高”的口號。

1971年，臨終前，為了幫助青年教師開課，帶病寫了《傷寒論》教學(xué)參考資料萬余言。

陳慎吾畢生致力于中醫(yī)教育事業(yè)，不僅執(zhí)教于北平國醫(yī)學(xué)院，還親自試辦小型中醫(yī)學(xué)習(xí)班。共培養(yǎng)學(xué)生千余人，遍布全國各地。為強(qiáng)調(diào)中醫(yī)基礎(chǔ)理論研究的重要性，曾與秦伯未、李重人、于道濟(jì)、任應(yīng)秋一起，擬訂《對修訂中醫(yī)學(xué)院教學(xué)計(jì)劃的幾點(diǎn)意見》并上書衛(wèi)生部，提出了代表老一輩中醫(yī)學(xué)者共同心愿的“要先繼承好，才能有提高”的口號，為近現(xiàn)代中醫(yī)教育事業(yè)的發(fā)展，做出了突出貢獻(xiàn)。