11歲開始習(xí)讀中醫(yī)書籍，16歲成為“溫病大家”陸幕韓的徒弟。1954年入江蘇省中醫(yī)學(xué)校（南京中醫(yī)藥大學(xué)前身）醫(yī)學(xué)本科進(jìn)修班學(xué)習(xí)，畢業(yè)后任針灸學(xué)科教研組組長。1957年被調(diào)到北京中醫(yī)學(xué)院針灸教研組工作，不久又調(diào)入中醫(yī)研究院。歷任針灸研究所經(jīng)絡(luò)臨床研究室主任、針灸教學(xué)研究室主任、專家委員會(huì)副主任委員，國際針灸培訓(xùn)中心副主任，中國針灸學(xué)會(huì)副會(huì)長，世界針灸聯(lián)合會(huì)副主席等職，1995年當(dāng)選為中國工程院首批醫(yī)藥與衛(wèi)生工程學(xué)部院士。

代表論著：《難經(jīng)概述》、《難經(jīng)語釋》、《中國針灸學(xué)概要》、《針灸精義》、《簡明針灸學(xué)》（主編）、《中國針灸學(xué)》（主編）等。 

發(fā)表了《八會(huì)穴的理論基礎(chǔ)與臨床運(yùn)用》、《有關(guān)“五腧”的幾個(gè)問題》等論文。

20世紀(jì)50年代，開始中醫(yī)針灸的文獻(xiàn)研究工作。20世紀(jì)60年代后，研究重點(diǎn)放在了經(jīng)絡(luò)問題上。他在262醫(yī)院的協(xié)作下，共同完成的“體表循行81例研究”為中國早期經(jīng)絡(luò)研究起到了一些推動(dòng)作用。改革開放后，程莘農(nóng)多次主持國家級(jí)、部級(jí)課題。其中作為主研人進(jìn)行的“循經(jīng)感傳和可見經(jīng)絡(luò)現(xiàn)象的研究”獲中國國家中醫(yī)藥管理局科技進(jìn)步一等獎(jiǎng)。在學(xué)術(shù)觀點(diǎn)上，以《靈》《素》《難經(jīng)》為主，反對(duì)玄學(xué)，提倡務(wù)實(shí)創(chuàng)新，對(duì)針刺“三才法”的改進(jìn)頗有新見。 

許多學(xué)術(shù)觀點(diǎn)、方法，諸如針灸理法方穴術(shù)辨治理念、六陰經(jīng)有原論、八脈交會(huì)統(tǒng)一論等，并創(chuàng)立了在臨床上所特有的“一竅開百竅法”、“通調(diào)四關(guān)法”、“八穴鎮(zhèn)痛法”等，在學(xué)術(shù)上獨(dú)樹一幟。在臨床、教學(xué)和科研中，重視中醫(yī)基礎(chǔ)理論對(duì)針灸臨床的指導(dǎo)作用，尤其是經(jīng)絡(luò)歸經(jīng)辨證，依據(jù)經(jīng)脈循行，將病候歸經(jīng)辨證，據(jù)證立補(bǔ)瀉、溫清、升降六法，依法定君臣佐使、大小緩急奇偶復(fù)，確立了“緣理辨證、據(jù)證立法、依法定方、明性配穴、循章施術(shù)”的針灸臨床辨證論治體系。作為主研人進(jìn)行的“循經(jīng)感傳和可見經(jīng)絡(luò)現(xiàn)象的研究”曾獲中國國家中醫(yī)藥管理局科技進(jìn)步一等獎(jiǎng)，主持的“十四經(jīng)穴點(diǎn)穴法”獲衛(wèi)生部科技一等獎(jiǎng)，參與的“經(jīng)絡(luò)的研究”獲北京市科學(xué)技術(shù)獎(jiǎng)二等獎(jiǎng)。