二次審議稿中提出，對(duì)嬰幼兒配方乳粉的配方實(shí)行備案管理。對(duì)此，國家食品藥品監(jiān)督管理總局提出，目前我國嬰幼兒配方乳粉的配方過多過濫，全國有近1900個(gè)配方，平均每個(gè)企業(yè)有20多個(gè)配方，遠(yuǎn)高于國外這類企業(yè)一般只有2個(gè)~3個(gè)配方的情況，為確保安全，建議實(shí)行注冊(cè)管理。全國人大法律委員會(huì)經(jīng)研究認(rèn)為，對(duì)嬰幼兒配方乳粉的配方實(shí)行注冊(cè)管理，有利于保證這類特殊食品的安全，如國務(wù)院有關(guān)方面論證同意進(jìn)行注冊(cè)管理，建議作出相應(yīng)修改。此外，三次審議稿還刪去不得以委托、貼牌方式生產(chǎn)嬰幼兒配方乳粉的規(guī)定，保留不得以分裝方式生產(chǎn)嬰幼兒配方乳粉的規(guī)定。

　　三次審議稿提出加快淘汰劇毒、高毒農(nóng)藥，同時(shí)規(guī)定劇毒、高毒農(nóng)藥不得用于蔬菜、瓜果、茶葉和中草藥材。

　　三次審議稿要求保健食品的標(biāo)簽、說明書應(yīng)當(dāng)與注冊(cè)或者備案的內(nèi)容一致，并聲明“本品不能代替藥物”。

　　對(duì)特殊醫(yī)學(xué)用途配方食品，現(xiàn)行《食品安全法》和修訂草案二次審議稿未作規(guī)定。一直以來，我國對(duì)這類食品按藥品實(shí)行注冊(cè)管理，截至目前共批準(zhǔn)69個(gè)腸內(nèi)營養(yǎng)制劑的藥品批準(zhǔn)文號(hào)。2013年，國家衛(wèi)生計(jì)生委頒布了此類食品的國家標(biāo)準(zhǔn)，將其納入食品范疇。據(jù)此，三次審議稿增加規(guī)定：特殊醫(yī)學(xué)用途配方食品應(yīng)當(dāng)經(jīng)國務(wù)院食品藥品監(jiān)督管理部門注冊(cè)。